El juego empieza cuando Olimar, capitán de la nave espacial Dolphin se estrella en un remoto planeta tras colisionar con un meteorito. Durante la entrada en la atmósfera la Dolphin ha ido rompiéndose y esparciendo sus piezas por todo el planeta, y milagrosamente Olimar ha sobrevivido. Pero su situación sigue siendo desesperada. El traje le puede mantener vivo durante 30 días, durante los que deberemos hacer todo lo posible para reunir las 30 piezas de la nave que necesitamos para escapar del inhóspito planeta.

Cuando Olimar, nuestro héroe de 1 centímetro y medio, ha aterrizado, descubre con sorpresa que existen unas criaturas rojas más pequeñas que él, que están a medio camino entre cebolla y animal, y que obedecen sus órdenes sin rechistar. Los bautiza como Pikmin. Gracias a los Pikmin y a su inteligencia, para Olimar será más fácil recuperar las piezas de la nave y volver a casa.

Pikmin es un juego a medio camino entre la estrategia y los puzzles lógicos. El juego consta en mover a Olimar y con él dar ordenes a los Pikmin, que serán los que llevarán a cabo el trabajo duro, como luchar, abrir caminos o cargar con piezas de la nave. En un principio solo controlaremos a uno o dos Pikmins, y para aumentar su número deberemos coger unas pastillas de colores con un número escrito. Estos números indican la cantidad de Pikmins necesarios para cargar con la pastilla o la pieza en cuestión, y también coincide con el numero de Pikmins que nos proporcionará al ser tratada por la "cebolla" que es la base de nuestros pequeños amigos.

Además de controlar el número del grupo, también deberemos controlar sus habilidades, ya que no todos los Pikmin son iguales. Los tenemos rojos, amarillos y azules. Los rojos son los Pikmin comunes, los amarillos se caracterizan por la habilidad que tienen para cargar piedras explosivas, y los azules son los únicos capaces de entrar en el agua sin ahogarse.

Teniendo en cuenta todos estos detalles, debemos afrontar la carrera contrarreloj para recuperar los componentes de nuestra nave, tarea que aunque en un principio parece un juego de niños, se convierte en un verdadero reto a la astucia y la habilidad. Tanto es así que algunos días no conseguiremos recuperar ninguna pieza del Dolphin y por lo tanto en otros deberemos darnos prisa para no perder el ritmo y conseguir dos.